Η Φιλοσοφική και η Θεολογική Σχολή είναι δύο από τις τέσσερις πρώτες Σχολές του Πανεπιστημίου Αθηνών. Πρώτος Κοσμήτορας της Φιλοσοφικής Σχολής ήταν ο Νεόφυτος Βάμβας και οι πρώτοι φοιτητές ήταν δεκαοκτώ. Μολονότι κατά το παρελθόν μερικοί από τους καθηγητές της αποτέλεσαν τον πυρήνα μιας συντηρητικής (στο γλωσσικό και ιδεολογικό κυρίως πεδίο) πολιτικής, η Σχολή γαλούχησε και εμψύχωσε γενιές φωτισμένων φιλολόγων, αρχαιολόγων, γλωσσολόγων, ιστορικών, φιλοσόφων, ψυχολόγων και παιδαγωγών.
Ο Μισαήλ Αποστολίδης ήταν ο πρώτος Κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής ενώ οι πρώτοι φοιτητές ήταν οκτώ. Το 1931, παραχωρήθηκε από την Εκκλησία στο Πανεπιστήμιο ο ιστορικός βυζαντινός ναός του ΙΑ´ αιώνος των Εισοδίων της Θεοτόκου (Καπνικαρέα) για τις θρησκευτικές ανάγκες διδασκόντων και διδασκομένων και προς άσκηση των φοιτητών της Θεολογίας.

Η Φυσικομαθηματική Σχολή ιδρύεται το 1904, μετά την απόσπαση των θετικών επιστημών από τη Φιλοσοφική Σχολή. Από τα πρώτα χρόνια λειτουργίας του, το Πανεπιστήμιο μεριμνά για τον εμπλουτισμό  επιστημονικών συλλογών και την ίδρυση εργαστηρίων και παραρτημάτων. Σταδιακά αναγνωρίζεται η σημασία της έρευνας για την ανακάλυψη του φυσικού πλούτου του νεοσύστατου κράτους και την ανάπτυξη του. Ωστόσο, ο χαρακτήρας των θετικών επιστημών πρόκειται να αποσαφηνιστεί αργότερα, ύστερα από επίμονες προσπάθειες καθηγητών των θετικών επιστημών. Το 1887, θεμελιώνεται το Χημείο και οι εργαστηριακές ασκήσεις θεωρούνται  αναπόσπαστο κομμάτι της εκπαίδευσης. Η σπάνια συλλογή των επιστημονικών οργάνων του Μουσείου, χρονολογείται από τα μέσα του 19^ου μέχρι τα μέσα του 20^ου αιώνα και κυρίως προέρχεται από εργαστήρια του Πανεπιστημίου Αθηνών. Τα όργανα, κατασκευασμένα από τους σημαντικότερους ευρωπαϊκούς κατασκευαστικούς οίκους, είχαν σχεδιαστεί τόσο για να εκπαιδεύουν όσο και για να γοητεύουν. Σηματοδοτούν την ανάπτυξη στην Ελλάδα μιας κουλτούρας διδασκαλίας και επικοινωνίας της επιστήμης, η οποία μέχρι την εποχή του μεσοπολέμου παρακολουθεί χωρίς υστέρηση τις διεθνείς επιστημονικές εξελίξεις.